1.  Thời gian miễn thuế, giảm thuế  theo các quy định trên được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế; Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư thì thời  gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Ví dụ: Năm 2009, doanh nghiệp A thành lập mới từ dự án đầu tư sản xuất sản phẩm phần mềm, nếu năm 2009 doanh nghiệp A đã có thu nhập chịu thuế từ dự án sản xuất sản phẩm phầm mềm thì thời gian miễn giảm thuế được tính liên tục kể từ năm 2009. Trường hợp dự án sản xuất sản phẩm phầm mềm của doanh nghiệp A phát sinh doanh thu từ năm 2009, đến năm 2012 doanh nghiệp A vẫn chưa có thu nhập chịu thuế thì thời gian  miễn giảm thuế được tính liên tục kể từ năm 2012. 

2.  Năm miễn thuế, giảm thuế xác định phù hợp với kỳ tính thuế. Thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn thuế, giảm thuế tính liên tục kể từ kỳ tính thuế đầu tiên doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế (chưa trừ số lỗ các kỳ tính thuế trước chuyển sang). Trường hợp, kỳ tính thuế đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế, nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ dưới 12 tháng thì doanh nghiệp có quyền đăng ký với cơ quan thuế tính thời gian miễn thuế, giảm thuế ngay kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc tính từ kỳ tính thuế tiếp theo. Trường hợp doanh nghiệp đăng ký thời gian miễn giảm thuế vào kỳ tính thuế tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của kỳ tính thuế đầu tiên để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.