Dự thảo nêu rõ đối tượng chịu thuế là tổ chức, cá nhân khai khác tài nguyên thiên nhiên trong lãnh thổ thuộc chủ quyền của Việt Nam, bao gồm khoáng sản kim loại và không kim loại, dầu thô, khí thiên nhiên, khí than, sản phẩm của rừng tự nhiên, hải sản tự nhiên, nước thiên nhiên, yến sào thiên nhiên và các tài nguyên thiên nhiên khác. Dự thảo quy định 7 trường hợp được miễn, giảm thuế tài nguyên như: Người nộp thuế tài nguyên gặp thiên tai, tai nạn bất ngờ gây tổn thất đến tài nguyên; nước thiên nhiên dùng cho nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp…